Biyoçeşitlilik kayıplarının nedenleri arasında habitat tahribatı ilk sırada yer almaktadır. Orman, tarım ve kentleşme gibi insan faaliyetleri sonucunda doğal habitatlar yok olmakta ve bu da birçok türün yaşam alanlarının azalmasına neden olmaktadır. Ayrıca aşırı avlanma ve balıkçılık, yabancı türlerin istilası, iklim değişikliği, kirlilik ve tarımsal ilaç kullanımı da biyoçeşitlilik kayıplarının temel sebepleri arasında yer almaktadır. Bu nedenlerin yanı sıra bilinçsizce yapılan ormancılık ve tarım uygulamaları da biyoçeşitliliğin azalmasına sebep olmaktadır.
